研究图谱是一种结构化表示研究对象的信息图谱，它捕捉关于研究者、组织、出版物、资助和研究数据之间的实体和关系的信息

import configparserconfig = configparser.ConfigParser()config.read('{}/config.ini'.format(current_path))input_path = config['DEFAULT']['Input-Path']output_path = config['DEFAULT']['Output-Path']debug = config['DEFAULT']['Debug']

onlyfiles = [f for f in os.listdir(input_path) if os.path.isfile(os.path.join(input_path, f))]

my_file_ids = []if client.files.list().data==[]:for f in onlyfiles:file = client.files.create(file=open(input_path + f, "rb"),purpose='assistants')my_file_ids.append(file.id)# 添加文件到助手assistant = client.beta.assistants.create(instructions = "你是一个出版物数据库支持聊天机器人。使用上传的pdf文件以最佳方式响应用户查询，输出为JSON格式。",model = "gpt-4-1106-preview",tools = [{"type": "retrieval"}],# 不要将所有文件附加到助手，否则即使在查询消息中指定文件ID，也会导致答案不匹配。# 我们将每条消息分别附加)

user_msgs = ["打印本文的标题，格式为JSON", "打印本文的作者，格式为JSON", "打印本文的摘要部分，格式为JSON", "打印本文的关键词，格式为JSON", "打印本文的DOI号码，格式为JSON", "打印本文的作者单位，格式为JSON", "打印本文的参考文献部分，格式为JSON"]

all_results = []
for i in my_file_ids:print('\n#####')# JSON结果，它可以提取并解析，希望如此file_result = {} for q in user_msgs:# 为每个查询创建线程、用户消息和运行对象thread = client.beta.threads.create()msg = client.beta.threads.messages.create(thread_id=thread.id,role="user",content=q,file_ids=[i] # 指定要从中提取的文件/出版物)print('\n',q)run = client.beta.threads.runs.create(thread_id=thread.id,assistant_id=assistant.id,additional_instructions="如果找不到答案，请打印“False”" # 在本演示时不太有用)# 通过每次检索更新对象检查运行状态while run.status in ["queued",'in_progress']:print(run.status) time.sleep(5)run = client.beta.threads.runs.retrieve(thread_id=thread.id,run_id=run.id)# 通常是速率限制错误if run.status=='failed':logging.info("运行失败: ", run)if run.status=='completed':print("<完成>")# 提取更新的消息对象，这包括用户消息messages = client.beta.threads.messages.list(thread_id=thread.id)for m in messages:if m.role=='assistant':value = m.content[0].text.value # 获取文本响应if "json" not in value:if value=='False':logging.info("未找到答案：", str(q))else:logging.info("不是JSON输出，可能在文件中找不到答案或模型已过时：", str(value))else:# 清理响应并尝试解析为JSONvalue = value.split("```")[1].split('json')[-1].strip()try: d = json.loads(value)file_result.update(d)print(d)except Exception as e:logging.info(f"查询 {q} \n解析字符串为JSON失败: ", str(e))print(f"查询 {q} \n解析字符串为JSON失败: ", str(e))all_results.append(file_result)

[{"title": "Dodes (diagnostic nodes) for Guideline Manipulation","authors": [{"name": "PM Putora", "affiliation": "Department of Radiation-Oncology, Kantonsspital St. Gallen, St. Gallen, Switzerland"},{"name": "M Blattner", "affiliation": "Laboratory for Web Science, Zürich, Switzerland"},{"name": "A Papachristofilou", "affiliation": "Department of Radiation Oncology, University Hospital Basel, Basel, Switzerland"},{"name": "F Mariotti", "affiliation": "Laboratory for Web Science, Zürich, Switzerland"},{"name": "B Paoli", "affiliation": "Laboratory for Web Science, Zürich, Switzerland"},{"name": "L Plasswilma", "affiliation": "Department of Radiation-Oncology, Kantonsspital St. Gallen, St. Gallen, Switzerland"}],"Abstract": {"Background": "Treatment recommendations (guidelines) are commonly represented in text form. Based on parameters (questions) recommendations are defined (answers).","Objectives": "To improve handling, alternative forms of representation are required.","Methods": "The concept of Dodes (diagnostic nodes) has been developed. Dodes contain answers and questions. Dodes are based on linked nodes and additionally contain descriptive information and recommendations. Dodes are organized hierarchically into Dode trees. Dode categories must be defined to prevent redundancy.","Results": "A centralized and neutral Dode database can provide standardization which is a requirement for the comparison of recommendations. Centralized administration of Dode categories can provide information about diagnostic criteria (Dode categories) underutilized in existing recommendations (Dode trees).","Conclusions": "Representing clinical recommendations in Dode trees improves their manageability handling and updateability."},"Keywords": ["dodes", "ontology", "semantic web", "guidelines", "recommendations", "linked nodes"],"DOI": "10.5166/jroi-2-1-6","references": [{"ref_number": "[1]", "authors": "Mohler J Bahnson RR Boston B et al.", "title": "NCCN clinical practice guidelines in oncology: prostate cancer.", "source": "J Natl Compr Canc Netw.", "year": "2010 Feb", "volume_issue_pages": "8(2):162-200"},{"ref_number": "[2]", "authors": "Heidenreich A Aus G Bolla M et al.", "title": "EAU guidelines on prostate cancer.", "source": "Eur Urol.", "year": "2008 Jan", "volume_issue_pages": "53(1):68-80", "notes": "Epub 2007 Sep 19. Review."},{"ref_number": "[3]", "authors": "Fairchild A Barnes E Ghosh S et al.", "title": "International patterns of practice in palliative radiotherapy for painful bone metastases: evidence-based practice?", "source": "Int J Radiat Oncol Biol Phys.", "year": "2009 Dec 1", "volume_issue_pages": "75(5):1501-10", "notes": "Epub 2009 May 21."},{"ref_number": "[4]", "authors": "Lawrentschuk N Daljeet N Ma C et al.", "title": "Prostate-specific antigen test result interpretation when combined with risk factors for recommendation of biopsy: a survey of urologist's practice patterns.", "source": "Int Urol Nephrol.", "year": "2010 Jun 12", "notes": "Epub ahead of print"},{"ref_number": "[5]", "authors": "Parmelli E Papini D Moja L et al.", "title": "Updating clinical recommendations for breast colorectal and lung cancer treatments: an opportunity to improve methodology and clinical relevance.", "source": "Ann Oncol.", "year": "2010 Jul 19", "notes": "Epub ahead of print"},{"ref_number": "[6]", "authors": "Ahn HS Lee HJ Hahn S et al.", "title": "Evaluation of the Seventh American Joint Committee on Cancer/International Union Against Cancer Classification of gastric adenocarcinoma in comparison with the sixth classification.", "source": "Cancer.", "year": "2010 Aug 24", "notes": "Epub ahead of print"},{"ref_number": "[7]", "authors": "Rami-Porta R Goldstraw P.", "title": "Strength and weakness of the new TNM classification for lung cancer.", "source": "Eur Respir J.", "year": "2010 Aug", "volume_issue_pages": "36(2):237-9"},{"ref_number": "[8]", "authors": "Sinn HP Helmchen B Wittekind CH.", "title": "TNM classification of breast cancer: Changes and comments on the 7th edition.", "source": "Pathologe.", "year": "2010 Aug 15", "notes": "Epub ahead of print"},{"ref_number": "[9]", "authors": "Paleri V Mehanna H Wight RG.", "title": "TNM classification of malignant tumours 7th edition: what's new for head and neck?", "source": "Clin Otolaryngol.", "year": "2010 Aug", "volume_issue_pages": "35(4):270-2"},{"ref_number": "[10]", "authors": "Guarino N.", "title": "Formal Ontology and Information Systems", "source": "1998 IOS Press"},{"ref_number": "[11]", "authors": "Uschold M Gruniger M.", "title": "Ontologies: Principles Methods and Applications.", "source": "Knowledge Engineering Review", "year": "1996", "volume_issue_pages": "11(2)"},{"ref_number": "[12]", "authors": "Aho A Garey M Ullman J.", "title": "The Transitive Reduction of a Directed Graph.", "source": "SIAM Journal on Computing", "year": "1972", "volume_issue_pages": "1(2): 131–137"},{"ref_number": "[13]", "authors": "Tai K", "title": "The tree-to-tree correction problem.", "source": "Journal of the Association for Computing Machinery (JACM)", "year": "1979", "volume_issue_pages": "26(3):422-433"}]}]

for f in client.files.list().data:client.files.delete(f.id)

# 检索并删除正在运行的助手my_assistants = client.beta.assistants.list(order="desc")for a in my_assistants.data:response = client.beta.assistants.delete(a.id)print(response)

import networkx as nximport matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()node_colors = []
key = "jroi/" + all_results[0]['title']G.add_nodes_from([(all_results[0]['title'], {'doi': all_results[0]['DOI'], 'title': all_results[0]['title'], 'source': 'jroi', 'key': key})])node_colors.append('#4ba9dc')
for author in all_results[0]['authors']:key = "jroi/" + author['name']G.add_nodes_from([(author['name'], {'key': key, 'local_id': author['name'], 'full_name': author['name'], 'source': 'jroi'})])G.add_edge(all_results[0]['title'], author['name'])node_colors.append('#63cc9e')
for reference in all_results[0]['references']:key = "jroi/" + reference['title']G.add_nodes_from([(reference['title'].split('.')[0][:25] + '...', {'title': reference['title'], 'source': 'jroi', 'key': key})])G.add_edge(all_results[0]['title'], reference['title'].split('.')[0][:25] + '...')node_colors.append('#4ba9dc')
pos = nx.spring_layout(G)labels = nx.get_edge_attributes(G, 'label')nx.draw(G, pos, with_labels=True, node_size=1000, node_color=node_colors, font_size=7, font_color='black')nx.draw_networkx_edge_labels(G, pos, edge_labels=labels)plt.savefig("graph_image.png")plt.show()